基本的な任天堂の3DSと3DS XLのモデルはゲームで詰め込まれていませんが、Face Raidersのようなソフトウェアとミニゲームがインストールされています。 ハンドヘルドがすぐに（ Wi-Fi接続があれば）すぐにNintendo 3DS eShopを訪れて、そのプラットフォームで利用可能な多くのゲームの1つをダウンロードすることもできます。 eShopはさまざまなゲームジャンルでさまざまな無料ゲームと有料ゲームを提供していますので、タイトルを選択するためにゲームストアに行くことなく遊ぶことができます。
しかし、いくつかの特別なシステムとゲームのニンテンドー3DSと3DS XLバンドルは、ゲームに同梱されています。 たとえば、ニンテンドー3DSモデルには、 Fire Emblem：Awakening （物理的なボックスゲームのカードではなく、ゲームのデジタルコピー）のコピーがプリロードされています。 New Super Mario Bros 2とMario Kart 7の物理的なコピーが入ったNintendo 3DS XLバンドルを購入することもできます。
ヨーロッパや日本でもユニークなバンドルが用意されています。 しかし、ニンテンドー3DSと3DS XLはどちらもリージョンロックされていることを覚えておいてください。ローカルで購入したゲームは、あなたの地域外で購入したシステムでは正常に機能しません。 新しいゲームがプラットフォームのために導入されると、任天堂は製品バンドルとして新しいスペシャルバンドルをリリースしたり、新鮮な新バージョンをサポートすることがあります。