PDBファイルを開く、編集する、変換する方法
PDB ファイル拡張子を持つファイルは、プログラムやデータベースに関するデバッグ情報（ DLLやEXEファイルなど）を保持するために使用される、プログラムデータベース形式で作成されたファイルです。 シンボルファイルと呼ばれることもあります。
PDBファイルは、ソースコード内のさまざまなコンポーネントとステートメントをコンパイルされた最終製品にマップします。デバッガは、デバッグプロセスを停止する必要がある実行可能ファイル内のソースファイルと場所を見つけるために使用できます。
PDBファイルの中には、Protein Data Bankファイル形式のものがあります。 これらのPDBファイルは、タンパク質構造に関する座標を格納するプレーンテキストファイルです。
他のPDBファイルは、おそらくPalmデータベースまたはPalmDOCファイル形式で作成され、PalmOSモバイルオペレーティングシステムで使用されます 。 この形式のファイルの中には、代わりに.PRCファイル拡張子を使用するものがあります。
PDBファイルを開く方法
異なるプログラムは、独自のPDBファイルを使用してデータをある種の構造化されたデータベース形式で格納するため、各アプリケーションは独自のPDBファイルの種類を開くために使用されます。 Geneious、Intuit Quicken、Microsoft Visual Studio、およびPegasusは、PDBファイルをデータベースファイルとして使用するプログラムのほんの一部の例です。 RadareとPDBparseもPDBファイルを開くために働くかもしれません。
PDBファイルの中には、Geneious 'Program Debug Databaseファイルのようにプレーンテキストとして保存されているものもあり、テキストエディタで開くと人間が読めるものです。 この種類のPDBファイルは、Windowsのメモ帳プログラムなどのテキスト文書を読み取ることができるプログラムで開くことができます。 その他のPDBファイルビューアやエディタには、Notepad ++やBracketsがあります。
他のPDBデータベースファイルはテキスト文書ではなく、目的のプログラムで開いたときにのみ役立ちます。 たとえば、PDBファイルが何らかの方法でQuickenに関連している場合は、そのソフトウェアを使用してPDBファイルを表示または編集してみてください。 Visual Studioでは、DLLまたはEXEファイルと同じフォルダにPDBファイルが表示されます。
Windows、Linux、およびMacOSでは、Protein Data BankファイルであるPDBファイルをAvogadroで表示および編集できます。 Jmol、RasMol、QuickPDB、USCF ChimeraもPDBファイルを開くことができます。 これらのファイルはプレーンテキストなので、テキストエディタでPDBファイルを開くこともできます。
Palm Desktopは、Palmデータベースファイル形式のPDBファイルを開くことができるはずですが、そのプログラムの.PRCファイル拡張子が認識されるように最初に名前を変更する必要があります。 PalmDOC PDBファイルを開くには、STDU Viewerを試してください。
PDBファイルを変換する方法
プログラムデータベースファイルは、 通常のファイルコンバータツールではなく、少なくとも異なるファイル形式に変換することはできません。 代わりに、この種のPDBファイルを変換できるツールがあれば、それを開くことができる同じプログラムになります。
たとえば、PDBデータベースファイルをQuickenから変換する必要がある場合は、そのプログラムを使用してください。 しかし、このタイプの変換はおそらくほとんど役に立たないだけでなく、これらのデータベースアプリケーションでもサポートされていません（つまり、この種のPDBファイルを他の形式に変換する必要はないでしょう）。
Protein Data Bankファイルは、MeshLabを使用して他の形式に変換できます。 これを行うには、 File> Save Image As> VRMLメニューからまずPyMOLを使用してPDBファイルをWRLに変換してからWeshファイルをMeshLabにインポートし、 File> Export Mesh Asメニューを使用してPDBを最終的に変換する必要がありますファイルをSTLまたは別のファイル形式に変換します。
モデルがカラーである必要がない場合は、PDBファイルをUSCF Chimeraを使用してSTLに直接エクスポートすることができます（ダウンロードリンクは上記のとおりです）。 それ以外の場合は、上記と同じ方法（MeshLab）を使用してPDBをUSCF ChimeraでWRLに変換し、WRLファイルをMeshLabでSTLにエクスポートすることができます。
PDBをPDFまたはEPUBに変換するには、PalmDOCファイルがある場合は可能ですが、ZamzarのようなオンラインPDBコンバータを使用するのが最も簡単です。 PDBファイルをそのWebサイトにアップロードすると、AZW3、FB2、 MOBI 、PML、PRC、TXT、およびその他のeBookファイル形式だけでなく、それらの形式に変換することもできます。
PDBファイルをFASTA形式に変換するには、Meiler LabのオンラインPDB to FASTAコンバータを使用します。
PDBx / mmCIFを使用してPDBをオンラインでCIF（Crystallographic Information format）に変換することもできます。
高度なPDBファイルの読み込み
Microsoft、GitHub、およびWintellectのProgram Databaseファイルについてもっと詳しく読むことができます。
Protein Data Bankファイルについてもっと知ることができます。 Worldwide Protein Data BankおよびRCSB PDBを参照してください。
あなたのファイルはまだ開いていませんか？
上記のいずれのツールでも開かれていないPDBファイルは、おそらく実際にはPDBファイルではありません。 起こっていることは、あなたがファイル拡張子を誤読していることです。 一部のファイル形式では、実際には無関係で同じ動作をしないときには、 ".PDB"によく似たサフィックスが使用されます。
たとえば、PDFファイルはドキュメントファイルですが、これらのソフトウェアプログラムで開こうとすると、上のプログラムのほとんどがテキストや画像を正しく表示しません。 PD、PDE、PDC、およびPDOファイルのような同様のスペルのファイル拡張子を持つ他のファイルについても同様です。
PBDは、 EaseUS Todo Backupプログラムに属しているため、そのソフトウェアで開かれたときにのみ有効です。
PDBファイルがない場合は、ファイルが持つファイル拡張子を調べて、開くか変換する適切なプログラムを見つけることができます。